Клюб быў створаны пад назвай «Палесьсе» ў 1987 годзе. 1992 год быў адзначаны стартам першага ў гісторыі нацыянальнага чэмпіянату Беларусі, у якім мазырскае «Палесьсе» стартавала ў другой лізе. У турніры прынялі ўдзел 16 камандаў. Пад кіраўніцтвам галоўнага трэнэра Анатоля Ўсенкі клюб фінішаваў на 7 месцы. У сэзоне 1992—1993 гадоў «Палесьсе» дамаглося прыкметнага прагрэсу і заняло 2 месца. У клюбу зьявілася стабільная матэрыяльная база, былі запрошаны дасьведчаныя футбалісты. Прафэсійны падыход да справы ня мог не прынесьці дывідэнды. Атрымаўшы больш за ўсіх перамог у чэмпіянаце, мазыране ледзь ня выйшлі ў першы дывізіён. На працягу ўсяго сэзону яны вялі барацьбу за адзіную пуцёўку ў эліту з бабруйскім «Шыньнікам», але ў выніку прапусьцілі яго наперад, набраўшы менш толькі на адзіны пункт. У сэзоне 1993—1994 гадоў «Палесьсе» зноўку спынілася на 2 месцы. На гэты раз шлях наверх заступіў лідзкі «Абутнік». Найлепшым снайпэрам турніру стаў форвард «Палесься» Аляксандар Дашкевіч з 12 дакладнымі стрэламі.
Чэмпіянат Беларусі 1994—1995 гадоў характэрны тым, што ў клюбу зьмяніўся фундатар. З другога кола каманда атрымала новую назву — МВКЦ (Мазырскі вытворча-камэрцыйны цэнтар). Перад клюбам была пастаўлена задача выйсьці ў першы дывізіён, і мазыране пасьпяхова вырашылі яе, упэўнена выйграўшы турнір і ўпершыню ў сваёй гісторыі заваяваўшы пуцёўку ў элітную беларускую лігу. Да перамогі клюб прывёў галоўны трэнэр Анатоль Юрэвіч. Найлепшым бамбардзірам лігі стаў нападнік МВКЦ Сяргей Яромка (24 галы). Такім чынам з 1995 па 2005 гады клюб выступаў у вышэйшай лізе чэмпіянату Беларусі. У 1998 годзе клюб зноўку зьмяніў назву на «Славія». Спыніў існаваньне пасьля няўдалага для клюбу сэзону 2005 году, які скончыўся вылетам у першую лігу.
Напачатку 2006 году, у выніку аб’яднаньня ФК «ЗЛІН» Гомель і «Славіі» быў створаны новы клюб — ФК «Мазыр-ЗЛІН». Пры аб’яднаньні за аснову была ўзята каманда «ЗЛІН», пры гэтым новы клюб ствараўся ў Мазыры на матэрыяльнай базе «Славіі», што спыніла існаваньне. З пачатку 2007 году клюб выступаў пад назвай ФК «Мазыр».
Па сканчэньні сэзону-2007 кіраўніцтвам гораду было вырашана вярнуць камандзе назву «Славія». У 2011 годзе клюб заняў першае месца ў першай лізечэмпіянату Беларусі і выйшаў у вышэйшую лігу.
У вышэйшай лізе «Славія» не паказвала добрых вынікаў. У сэзоне 2012 году мазырскі клюб доўгі час ішоў у зоне вылету, але здолеў пазьбегнуць яго, заняўшы 10 месца. У сэзоне 2013 году «Славія» хутка апынулася на апошнім радку і, нягледзячы на неблагую гульню ўлетку, не змагла яго пакінуць. У выніку каманда зноўку вылецела ў першую лігу.
У сэзоне 2014 году зьмяніўся амаль увесь склад каманды. Новы галоўны трэнэр Юры Пунтус зрабіў стаўку на шэраг вэтэранаў і пэрспэктыўных маладых футбалістаў, многія зь якіх перайшлі да Пунтусу зь ягонага былога клюбу — «Смалявічы-СТІ». У выніку «Славія» хутка стала аднім зь лідэраў лігі. У сярэдзіне сэзону мазыране разам зь мікашэвіцкім «Гранітам» значна адарваліся ад канкурэнтаў. Гарантаваўшы за некалькі тураў да фінішу вяртаньне ў вышэйшую лігу, «Славія» саступіла першае месца «Граніту».
У сэзоне 2015 году «Славія» захавала склад папярэдняга году, узмацніўшыся шэрагам маладых гульцоў зь ніжэйшых ліг. Каманда добра пачала выступ у Вышэйшай лізе, апынуўшыся ў сярэдзіне табліцы. Шмат у чым гэта адбылося дзякуючы высокім бамбардзірскім паказчыкам нападніка мазыранаў Дзяніса Лапцева, які ў 13 матчах здолеў забіць 9 галоў. Улетку Лапцеў перайшоў у расейскі клюб «Тосна», а «Славія» стала выступаць горш, неўзабаве наблізіўшыся да зоны вылету. Толькі пасьля перамогі ў перадапошнім туры над «Гомелем» (3:1) мазыране гарантавалі месца ў Вышэйшай лізе на наступны сэзон. У выніку каманда скончыла чэмпіянат на 10-м радку табліцы.
Сэзон 2016 году «Славія» прайшла роўна, але на прэтэндавала на высокія месцы, зноў спыніўшыся ў выніку на 10-м радку. Найбольш яркімі момантамі каманды сталі хатняя перамога над чэмпіёнам краіны БАТЭ (2:1), а таксама звышвыніковыя матчы зь «Менскам» — абодва скончыліся перамогамі гаспадароў зь лікам 6:2. Трэба адзначыць, што ў гэтым сэзоне лінія абароны выглядала вельмі нестабільна. Сярод гульцоў таго сэзону трэба вылучыць Уладзіслава Жука, які дзякуючы сваёй яскрайвай гульні быў выкуплены шматразовым чэмпіёнам краіны — барысаўскім БАТЭ. Аднак ужо на пачатку сэзону 2017 году гулец вярнуўся ў клюб у выніку арэнднага пагадненьня з клюбам Менскай вобласьці. У сэзоне 2017 году каманда заняла 15 месца ў найвышэйшым дывізіёне і вылецела ў першую лігу.
