Клюб заснаваны ў 2011 годзе. Доўгі час выступаў на аматарскім узроўні ў менскай ААФ.
У сэзоне 2022 году «Жодзін-Паўднёвы» дэбютаваў у другой лізе. Праз увесь сэзон дружына рухалася ў верхняй палове табліцы зоны «Поўнач» дывізіёну Менскай вобласьці. Пасьля перамогі па пэнальці ў паўфінале дывізіёну Менскай вобласьці над «Бабоўняй», «Жодзін-Паўднёвы» перамог у фінале «Вікторыю» з Мар’інай Горкі. На фінальным этапе другой лігі клюб перамог у 1/8 фіналу «Новую Прыпяць», аднак у чвэрцьфінале саступіў «Крумкачам». Перамогі ў матчах за 5—8 месцы прынесьлі клюбу выніковы пяты радок.
У лістападзе 2022 году клюб падаў заяўку на праходжаньне ліцэнзаваньня ў першую лігу[1]. 10 сакавіка 2023 году «Жодзін-Паўднёвы» разам зь іншымі клюбамі атрымаў ліцэнзію, такім чынам афіцыйна далучыўшыся да першай лігі ў сэзоне 2023 году[2].
.svg){kind=small}
