Першыя футбольныя каманды ў Наваполацку зьявіліся яшчэ ў 1959 годзе, якія прадстаўлялі трэст №16 «Нафтабуд». Аднак, калі пачаў сваю працу пабудаваны нафтапераапрацоўчы завод, клюб прадпрыемства «Нафтавік» пачаў браць удзел у абланых спаборніцтвах. Да клюбу адрызу прыйшлі посьпехі, то бок, атрымаўшы перамогу ў фінале ў гульні супраць віцебскага «Станкабудаўніку», клюб стаў уладальнікам Кубка Віцебскай вобласьці. На той момант асноўны склад клюбу будаваўся на арэнбурцах, працаўніках Орскага ПНЗ, які прыяжджалі ў Наваполацак паводле пераводу на працу.
У 1965 годзе «Нафтавік» стаўся ўладальнікам Кубак БССР. На шляху да перамогі, былі пасьлядоўна пераадолены магілёўскі «Мэталюрг», зборная Петрыкава й берасьцейскі «Лякаматыў». Аднак у першынстве БССР значных пасьпехаў клюб ня зьведаў. З 1965 па 1974 гады каманда праводзіла ў першым і другім дывізіёнах. У 1966 годзе клюб быў зьняты са спаборніцтваў з-за адсутнасьці турнірнай пэрспэктывы, а сэзоны 1969 і 1970 гадоў і наогул прапусьціў. У 1974 годзе «Нафтавік» узяў свой апошні ўдзел у чэмпіянаце БССР.
У сярэдзіне 1980-х гадоў адбылося адраджэньне клюбу, што сталася заслугай працаўнікоў на прыстасаваньнях комплексу па вытворчасьці вадкіх парафінаў. Новы клюб атрымаў назву «Парэкс». Аднак, як і «Нафтавік», клюб меў аматарскі статус. Празь некалькі гадоў станаўленьня клюбу была вернута папярэдняя назва, такім чынам клюб зноўку быў вернуты ў розыгрышы нацыянальных спаборніцтваў. У 1989 годзе «Нафтавік» атрымаў бронзавыя мэдалі абласнога першынства, на наступны год клюб дамогся другога месца ў абласным спаборніцтве. У 1991 годзе клюб атрымаў назву «Нафтан», і адразу стаўся пераможцам турніру прафзьвязаў БССР. У 1992—1996 гадох каманда, атрымліваючы фінансавую падтрымку з боку нафтапераапрацоўчага заводу, канчаткова атрымала прафэсійны статус.
У 2003 годзе Леанід Падліпскі быў абраны старшынём наваполацкага клюбу. У 2004 годзе ён запрасіў Вячаслава Акшаева на пасаду галоўнага трэнэра. У 2004 годзе наваполацкія футбалісты занялі 10 месца, але ў наступныя сэзоне вынікі паляпшаліся. У 2005 годзе клюб узяў сабе новую назву «Нафтан», якія і дасюль выкарыстоўваецца клюбам. У 2007 годзе ачоліў клюб Ігар Кавалевіч, які да таго працаваў быў з дублюючым складам каманды. Паводле вынікаў сэзону 2009 году «Нафтан» узьняўся на выніковае 4 месца. У тым жа годзе паўночнікі здабылі Кубак Беларусі, перагуляўшы ў дадатковы час у фінальным матчы на менскім стадыёне Дынама салігорскі «Шахцёр» зь лікам 2:1. Пераможны гол улучыў у браму салігорцаў Дзьмітры Верхаўцоў. Дзякуючы гэтаму, навапалачане атрымалі права дэбтаваць у эўракубках. Паводле лёсаваньня ў розыгрышу Лігі Эўропы 2009—2010 гадоў супернікам беларускаму клюбу выпала быць бэльгійскаму «Генту». У хатнім матчы, які аднак ладзіўся ў Віцебску празь неадпаведнасьць наваполацкага стадыёну стандартам УЭФА, «Нафтан» здабыў перамогу зь мінімальным лікам 2:1. Абодва голы запісаў на свой рахунак Аляксандар Дзегцяроў. Матч у адказ скончыўся паразай 1:0, і толькі празь перавагу ў колькасьці здабытых галоў у гасьцёх бэльгійцы рушылі далей. У 2012 годзе «Нафтан» зноўку здабыў кубак краіны, гэтым разам у фінале на тым жа стадыёне Дынама выгуляўшы «Менск» у сэрыі пэнальці. Асноўны час скончыўся зь лікам 2:2. Галы на свой рахунак запісалі Алег Шкабара і Фёдар Чарных. У наступных сэзонах вынікі клюбу пачалі пагаршацца, гэтак у сэзоне 2016 году «Нафтан» скончыў на 13 месца, а праз год заняў апошні радок і выбыў з Найвышэйшай лігі.
Вярнуцца ў элітны дывізіён навапалачане доўгі час ня былі здольныя. Клюб звычайна лічыўся сярэдняком Першай лігі. У 2020 годзе шэраг гульцоў каманды былі выкрытыя ва ўдзеле ў дамоўленых матчах яшчэ ў 2017—2018 гадах[2]. Усё зьмянілася калі перад пачаткам сэзону 2022 году «Нафтан» запрасіў да сябе дасьведчаных гульцоў з матчамі ў Найвышэйшай лізе на сваім рахунку, як то Цярэнція Луцэвіча, Артура Каца, Дзьмітра Ігнаценка і Юрыя Казлова. Апошні зь іх поруч з футбалістам петрыкаўскага «Шахцёра» Максімам Кавалевічам стаў найлепшым бамбардзірам розыгрышу Першай лігі, зарабіўшы 13 галоў. Перад пачаткам сэзону 2023 году галоўным трэнэрам быў прызначаны Юры Пунтус, які, аднак, пратрымаўся толькі да траўня. Ён быў звольнены праз дрэнныя вынікі каманды. «Нафтан» ачоліў Альбэрт Рыбак, які незадоўга да таго быў вызвалены з пасады галоўнага трэнэра «Белшыны». Значна падвысіць вынікі трэнэр ня здолеў. У выніку навапалачане фінішавалі на 12 месцы. У студзені 2024 году адбылася рэарганізацыя клюбу[3][4].
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
